Niedrigwasser in mehreren Flüssen macht der Schifffahrt zu schaffen. Auch Flusskreuzfahrten sind von der Dürre betroffen, Veranstalter nehmen Routenänderungen und Absagen vor. Betroffen von niedrigen Pegelständen sind unter anderem Elbe, Donau und Rhein – nicht nur, aber auch innerhalb Deutschlands. Bei Nicko Cruises zum Beispiel werden bei 70 bis 80 Prozent der vom Niedrigwasser betroffenen Flusskreuzfahrten geringfügige Änderungen vorgenommen. Wenn das Schiff beispielsweise nicht nach Bratislava kommt, wird der Ausflug ab Wien angeboten, von dort ist es nur circa eine Stunde Fahrt mit dem Bus. Bei Nicko Cruises sind neun Schiffe betroffen: vier auf der Donau, drei auf dem Rhein und zwei auf der Elbe.
Generelle Routenänderungen sind nach Expertenschätzungen bei 20 bis 25 Prozent aller betroffenen Flussreisen nötig. Die Kunden werden informiert. Diese können dann der alternativen Route zustimmen, umbuchen oder von der Reise zurücktreten. In wenigen Fällen muss die Fahrt sogar komplett abgesagt werden, weil eine andere Route keinen Sinn ergibt. Der Reisepreis werde dann zurückerstattet. Auch bei A-Rosa Flussschiff kommt es zu Anpassungen von Reiserouten. Bisher haben die Reisen größtenteils stattfinden können, es gab jedoch auch komplette Absagen – bei Fahrten in Richtung Donau-Delta. Kunden haben in diesen Fällen Kompensationsangebote bekommen. Wenn Reedereien wegen Niedrigwasser ihre Routen ändern müssen, bekommen Urlauber oft einen Teil des Geldes zurück. Konkret lässt sich der Reisepreis anteilig mindern, wenn bestimmte Stopps unterwegs und Ausflüge ersatzlos gestrichen werden müssen. Diese Ansprüche bestehen, obwohl der Anbieter nichts für niedrige Pegelstände kann. Fällt der Höhepunkt einer Reise absehbar aus, haben Kunden das Recht, vom Vertrag zurückzutreten. Dann gibt es das gesamte Geld zurück.